同样，Windows Server 2003 SP1也给一些服务器软件带来了问题。最初时Windows XP SP2曾与50多种软件不兼容。微软在Windows Server 2003 SP1上对127种服务器软件进行了测试，支持文档指出，测试的目的是确保服务器软件在Windows Server 2003、Windows Server 2003 SP1上能够实现同样的功能。

　　在没有通过测试的14种软件中，有些是微软的软件，其中包括Internet Security and Acceleration (ISA) Server 2004 Standard、Exchange Server 2003、Systems Management Server (SMS) 2003。受到影响的其它厂商的应用软件包括冠群的Brightstor ARCserve Backup 11.0、Citrix的Metaframe XPe FR3等。

　　用户可以在微软的支持网站上查看已经通过测试和没有通过测试的应用软件清单。