新冠变异株:“超级变体德尔塔克戎”真伪之争的来龙去脉

新冠病毒奥密克戎变异株在世界各地掀起的巨浪尚未平息,又有一条新闻令人惊悸——超级变体Deltacron;据称它是之前两种强大的变异株德尔塔(Delta)和奥密克戎(Omicron)结合而成。

不过,很快就有科学家出面解释,作为新变异株的Deltacron其实并不存在,研究表明,所谓超级变体的基因序列很可能是污染造成的。



BBC梳理这件事的来龙去脉。

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Deltacron这个词最初来自塞浦路斯。2022年1月7日,尼科西亚的塞浦路斯大学病毒学家列昂迪欧斯·科斯特利吉斯(Leondios Kostrikis)公开宣布,他的团队发现并确定了兼具德尔塔(Delta)和奥密克戎(Omicron)两种元素的基因组。

他们当天晚上将25个基因序列上传到流行病公共数据库GISAID,后来又上传了27个序列,由此见诸媒体,成为国际新闻。



但许多科学家很快在社交媒体和传统媒体上公开表示,这些毒株基因序列并不足以构成新变异体,也不是毒株之间重组的结果。他们认为,很有可能是实验室污染造成的。

库帕利博士(Krutika Kuppalli)是美国南卡罗莱纳医科大学世界卫生组织(WHO)新冠专家团队成员。她的推特说,德尔塔+奥密克戎不构成超级新变异株。

自 2020 年 1 月以来,已经有七百多万条 SARS-CoV-2 基因组上传到 GISAID 数据库。

以讹传讹?

被成为Deltacron的基因序列上传72小时后,科斯特利吉斯将它们移出数据库公开检索区域,以待进一步核证。

他解释说,自己最初的假设被曲解了,他并没有说过这些新序列就代表德尔塔和奥密克戎,是一些媒体措辞含糊,令人误以为是德尔塔-奥密克戎重组病毒株序列。

在一封给《自然》杂志的电子邮件中,科斯特利吉斯写道,“Deltacron”序列2021年12月从塞浦路斯的新冠病毒样本中产生,进一步察看时注意到刺突蛋白基因中有一个类似奥密克戎的遗传特征,这个遗传特征有助于病毒进入细胞。

基于这个发现,最初的假设是“一些 Delta 病毒颗粒在刺突基因(S基因)中独立突变,类似于奥密克戎中常见的突变”。

这个假设见诸媒体后被广泛质疑,许多从事基因测序和 COVID-19 研究的科学家认为有另一种可能性:实验室错误。

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图像来源,GETTY IMAGES

问题出在哪里?

对任何基因组进行测序都依赖于引物(引子),就是一小段单链核糖核酸(RNA)或脱氧核糖核酸(DNA);这个引子与目标序列结合,成为测序的起点。

但因为Delta 的刺突基因中发生了突变,降低了部分引物与其结合的能力,使得基因组这个区域的测序变得很困难。

如果是因为污染导致奥密克戎颗粒混入样本,它可能会使测序的刺突基因看起来与奥密克戎中的相似。

美国路易斯安那州立大学病毒学家杰瑞米·卡米尔(Jeremy Kamil)认为这种实验室污染很普遍。他还在推特上赞扬科斯特利吉斯团队的病毒基因测序努力,强调错误并不重要,重要的是需要共同应对病毒挑战。

还有一种可能性是措辞不当——即使新的序列不是因污染导致,塞浦路斯实验室发现的突变在其他变体中也有发现,并非奥密克戎独有。

GISAID数据库中的基因序列中有不少携带其他序列元素,只不过没有引起社交媒体的注意和争论。

科斯特利吉斯不同意污染的说法,同时指出社交媒体上围绕这种假设的争论“没有考虑我们的完整数据,也没有提供任何真实可靠的证据证明它不是真实存在”。

他对《自然》表示正在研究世界各地科学家对他最新研究成果的评论,准备将研究结果提交同行评审。

也有科学家担心这个风波会影响病毒基因组数据的快速共享,进而阻碍变异毒株的发现。这类数据有很强的时效性,如不及时分享便会失效。

(来源:BBC中文网)

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